‘착오에 의한 이중발급’ 세금계산서, 가산세가 나올 수도 있다고요?

세금계산서 실수 중 가장 흔한 것 중 하나, 바로 ‘이중 발급’입니다.

“헉, 똑같은 건으로 세금계산서를 두 번이나 발행했어요. 어떻게 하죠…?”
실제로 경리 업무를 하다 보면, 이런 순간이 한두 번씩은 꼭 생기곤 하죠.

오늘은 실수로 세금계산서를 이중 발행했을 때 어떻게 처리하면 되는지,
그리고 가산세는 정말 안 나오는 건지에 대해서 함께 알아볼게요.
실제 고객사 사례도 함께 소개해 드릴게요!

🔍 이중발급, 언제 생기나요?

'착오에 의한 이중발급'은 말 그대로 같은 거래건에 대해 세금계산서를 두 번 발행한 경우예요.
보통 아래와 같은 상황에서 자주 발생하더라고요:

• 이미 발행한 걸 까먹고 다시 발행

• 같은 거래인데 날짜만 다르게 발행

• 팀원 간 인수인계 누락

• 전자세금계산서 시스템 오류

이런 경우 ‘수정세금계산서’를 통해 정정이 가능합니다.

🧾 실무 사례 - 실제로 이런 일이 있었습니다!

저희 고객사 중 도매업을 운영하는 A사 사례를 소개드릴게요.
매달 80건 넘는 세금계산서를 발행하시는데, 어느 달에 갑자기 같은 거래처로 금액, 내용이 동일한 세금계산서가 두 건 발행된 걸 확인하셨어요.

회계 담당자가 바뀌면서 인수인계 중 누락된 게 원인이었습니다.
다행히 세무신고 전에 파악해서 홈택스를 통해 수정세금계산서를 발행했고,
공급받는 쪽에서도 바로 반영해줘서 가산세는 부과되지 않았습니다.

🛠️ 수정세금계산서 발행 방법 (홈택스 기준)

홈택스에서 아래 순서대로 진행하시면 돼요:

1. 홈택스 로그인

2. 조회/발급 → 전자세금계산서 발급 → 수정발급

3. 수정할 원본 세금계산서 선택

4. 사유는 ‘착오에 의한 이중발급’ 선택

5. 자동 입력된 내용을 확인하고 발급 완료

💡 자동으로 ‘-’ 부호가 붙은 금액으로 부(-)의 세금계산서가 생성됩니다.

⚠️ 가산세, 정말 안 나오나요?

많이 받는 질문 중 하나입니다.
결론부터 말씀드리면 “발생할 수도 있습니다.”

즉, 발행한 쪽(공급자)은 착오인 경우 보통 가산세는 없지만,
받은 쪽이 그걸로 부가세 환급을 이중으로 받았다면 문제가 생깁니다.

• 초과환급신고가산세: 초과 환급세액의 10%

• 환급불성실가산세: 미납세액 × 경과일수 × 이자율

👉 그래서 공급받는 쪽이 잘못 신고하기 전에 수정세금계산서를 먼저 발행하는 게 매우 중요합니다.

▶ 신고 불성실 가산세 관련 정리 글

⏰ 수정 발행 시기 따라 가산세 감면율이 다르다고요?

네, 맞습니다.
수정세금계산서는 ‘빠르게 발행할수록 유리’합니다.

📌 한 고객사 담당자는 2개월 지나고 발견했지만, 3개월 안에 수정 발행해서 75% 감면 받으셨어요!

🌪️ 천재지변이면 무조건 면제?

완전히 면제는 아니고, ‘불가항력 사유’일 경우만 가산세가 면제됩니다.
예를 들어:

• 시스템 오류로 대량 오류가 난 경우

• 천재지변(지진, 홍수 등) 발생

하지만 단순 실수나 인수인계 누락은 감면 대상이 아니니 빠른 정정이 최선입니다.

🤖 실수 줄이려면? 자동화 솔루션이 답입니다

저희 팀은 실제로 ‘청구스’라는 AI 청구서 솔루션을 도입해서 업무 효율을 엄청 끌어올렸어요.
세금계산서 자동 발행, 입금 확인, 미수금 관리까지 자동화되어
실수가 거의 사라졌고, 야근도 확 줄었어요!

경리, 재무팀 직원분들 일 많으시죠?
제가 요즘 쓰면서 매우 만족하는 솔루션이 있는데요,
청구서 발송, 세금계산서 발행부터 입금 확인, 미수 관리까지 자동으로 해주는 AI 솔루션이 있어서 추천드립니다.
👉 네이버 검색창에 ‘청구스’ 쳐보세요!
일이 줄고, 미수 관리도 확실해져서 팀장님한테 ‘에이스’ 소리 들을 수 있어요 😊

🙋 자주 묻는 질문 (FAQ)

Q1. 이미 신고까지 했는데 이중 발급을 발견했어요. 어떡하죠?
👉 경정청구 또는 수정신고를 통해 정정할 수 있습니다. 다만 환급세액이 있었다면 주의가 필요합니다.

Q2. 공급받는 쪽이 부가세를 잘못 환급받았는데, 제가 책임져야 하나요?
👉 아니요. 기본적으로는 공급받는 자의 책임입니다. 다만, 협의하여 공동으로 정정하는 게 좋습니다.

Q3. 이중발급된 세금계산서를 거래처가 이미 신고했대요. 수정해도 되나요?
👉 네. 수정세금계산서를 발행하면 자동으로 상대방 쪽에도 반영됩니다. 다만 서로 협의 후 진행하세요.

✅ 같이 읽으면 좋은 글 추천!

▶ 부가세 신고 실수? 5년 안에 돌려받는 방법, 경정청구 A to Z

▶ 부가가치세 확정신고 vs 예정신고 차이 – 부가세 신고 1분 정리

▶ 전자세금계산서의 역사 - 종이 → e세로 → 홈택스